【科研小工具】就没见过这么牛气的肿瘤甲基化和表达联合分析查询数据库
如何不做试验探究甲基化是否在肿瘤样本中调控基因的表达水平，我第一个要查的就是这个牛气的数据库：
MethHC
http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
有时间的老师请继续往下看，它的功能比我们预想的还要丰富。
数据库特点
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收录数据： DNA甲基化、基因表达、microRNA甲基化、microRNA表达， TCGA (The Cancer Genome Atlas)数据库的基因表达和甲基化的关系，一共包括超过6000例样本的18个癌种的6,548个 microarray 和12,567个 RNA 测序数据。
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显著优于其他同类型甲基化数据库，该网站直接给出多数据库对比表格。总结起来，优势体现在更新及时；数据量大且类型多样；同时包括miRNA表达数据和甲基化数据，能更快速直接的探究miRNA和甲基化是否调节目的基因的表达。
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数据库整体分析流程：整合分析TCGA数据库的甲基化水平，mRNA表达和microRNA表达数据，其中重点关注了基因mRNA水平和甲基化水平的相关性；miRNA的甲基化信息。
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甲基化分析更细致：除了传统的基因整体甲基化分析，还可细分多种基因区域 (promoter,enhancer, TSS1500, TSS200, 5'UTR, first exon,gene body ,3'UTR,CpG islands/CPG island regions, shelves and shores)
数据库用法介绍
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搜寻不同癌种的Top250差异甲基化基因，超高甲基化基因和超低甲基化基因。
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一个基因在某个癌种中的甲基化差异分析图（会针对不同转录本分别绘制）。
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点击某个具体癌种对应的图形，可得到具体表达水平（可选不同探针）和甲基化水平（可选不同区域）的相关性。
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