技术参数及分析内容

技术优势

   • 基于二代测序，可以获得目的区域内所有C碱基的甲基化数据
   • 1000×的测序深度，精确计算每个位点C碱基的甲基化程度
   • 通量高，可同时对成百上千个区域进行甲基化程度分析
   • 适用于大样本多区域的DNA甲基化水平检测

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生信分析

客户文章解读

1、Dietary betaine supplementation in hens modulates hypothalamic expression of cholesterol metabolic genes in F1 cockerels through modification of DNA methylation

题目：母鸡补充甜菜碱可以通过DNA甲基化修饰来调控F1代公鸡下丘脑胆固醇代谢相关基因的表达

合作单位：南京农业大学动物健康与食品安全国际合作联合实验室

发表期刊：Comparative Biochemistry and Physiology

发表时间：2018-3-2

影响因子： 1.757

文章简介：

    甜菜碱广泛应用于动物营养中，通过基因表达的调节进行营养重编程，促进蛋氨酸代谢过程中的生长、发育和甲基供体。据报道，产前甜菜碱暴露可调节鸡的下丘脑胆固醇代谢，但尚不清楚饲喂添加甜菜碱的日粮是否会影响F1后代的下丘脑胆固醇代谢。在本研究中，研究者用基础饲料或添加甜菜碱( 0.5 % )的饲料喂养母鸡30天，收集蛋用于孵化。幼雏在同样的条件下饲养到56天。甜菜碱处理组血浆总胆固醇和高密度脂蛋白胆固醇浓度显著升高，下丘脑总胆固醇和胆固醇酯含量升高。同时，下丘脑SREBP2、HMGCR和LDLR基因表达显著上调。SREBP1、ACAT1和APO-A1的基因丰度上调，CYP46A1的基因丰度显著下调。这些变化与脑源性神经营养因子和促肾上腺皮质激素的显著下调和NPY基因表达的显著上调相一致。此外，参与甲基转移循环的基因也受到调节。DNMT1和BHMT在基因和蛋白质水平均上调，这与硫酸氢盐测序检测到的SREBP-1、SREBP-2和APO-A1基因启动子上CpG甲基化的显著改变有关。这些结果表明，饲喂甜菜碱通过改变启动子甲基化来调节F1小公鸡胆固醇代谢和脑功能相关基因的下丘脑表达。

图1、SREBP1启动子甲基化状态

2、Dietary betaine supplementation increases adrenal expression of steroidogenic acute regulatory protein and yolk deposition of corticosterone in laying hens

题目：补充甜菜碱促进蛋鸡类固醇激素合成急性调节蛋白和卵黄沉积肾上腺皮质酮的表达

合作单位：南京农业大学动物生理生化重点实验室

发表期刊： Poultry Science

发表时间：2017-12-1

影响因子： 1.908

文章简介：

    甜菜碱是一种重要的甲基供体，已知它通过营养重编程对基因表达进行表观遗传调控。在本文中，研究者探讨了饲喂添加甜菜碱的日粮是否会影响肾上腺皮质类固醇的生物合成和蛋中皮质酮的沉积，与甲基转移酶的表达和受影响基因的启动子脱氧核糖核酸甲基化状态相关。将38周龄的如皋黄羽蛋鸡分为对照组和甜菜碱组，分别饲喂基础日粮和甜菜碱添加日粮，为期4周。甜菜碱的添加显著提高了平均产蛋率，而体重和蛋品质保持不变。甜菜碱组血浆胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇浓度也较高。此外，甜菜碱组鸡蛋蛋黄中含有较高的皮质酮，这与肾上腺类固醇生成基因的上调有关。类固醇生成急性调节蛋白( StAR )，负责将胆固醇转运到线粒体内膜的限速蛋白，与其转录因子类固醇生成因子-1 (SF-1 )和糖皮质激素受体一起被显著激活。此外，补充甜菜碱显著上调肾上腺腺苷同型半胱氨酸酶样1和脱氧核糖核酸甲基转移酶1和3a的表达。亚硫酸氢盐测序分析显示肾上腺中SF-1基因启动子区的几个CpG位点存在显著的低甲基化。这些结果表明，日粮中添加甜菜碱可能通过SF-1基因的表观遗传调节激活肾上腺StAR的表达。

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