2021年9月m6A RNA甲基化研究领域的10分以上文章有28篇，
现精选7项研究的主要结果供大家阅读欣赏，
其余21篇文章信息见文末列表。
m6A是哺乳动物mRNA中最普遍的修饰。为了探究其功能和动态，有必要从位点、基因和样本三个层面对m6A进行量化。目前的方法以有限的方式满足这些需求。这项研究开发了m6A-seq2，依靠加条形码和混合样本的多重m6A免疫沉淀技术。m6A-seq2允许在降低技术可变性、起始材料和成本要求的同时大幅提高通量。m6A-seq2还能够提供样品水平的m6A的相对定量，作为基于质谱的方法的正交替换。最后，作者开发了一种用于m6A基因水平定量的计算方法。证明了使用这一方法小鼠胚胎干细胞中RNA半衰期的大约30%的变异性可以被解释，建立m6A作为RNA稳定性的主要驱动因素。因此，m6A-seq2为剖析m6A介导的三个不同水平的调控提供了一个实验和分析框架。
强直性脊柱炎（AS）是一种风湿性疾病，以慢性炎症和病变性骨形成为特征。此前，该团队证实了AS患者间充质干细胞（AS-MSC）的成骨分化增强导致病理性成骨，在增强成骨分化过程中，AS-MSC诱导TNF-α介导的局部炎症。然而，TNF-α是否反过来影响AS-MSC尚不清楚。因此这项研究进一步证明高浓度TNF-α治疗可在体外和体内触发增强AS-MSC的定向迁移，这加强了AS的发病机制。在机制上，TNF-α导致AS-MSC中ELMO1的表达增加，这是由ELMO1 3’UTR中依赖METTL14的m6A修饰介导的。在AS患者体内发现较高的AS-MSC ELMO1表达，在SKG小鼠中抑制ELMO1可以在这种脊椎关节炎模型中产生治疗效果。本研究不仅对AS的发病机制，而且对AS的临床治疗有一定的指导意义。
RNA的m6A修饰影响RNA代谢的多个方面，m6A异常调控与多种人类疾病有关。本研究探索了RNA m6A修饰在阿尔茨海默病（AD）发病机制中的潜在作用。结果发现AD神经元m6A水平降低，同时METTL3表达显著降低。有趣的是，METTL3敲除引起海马区神经元m6A修饰减少，导致显著的记忆缺陷，伴随广泛的突触丢失和神经元死亡，以及多种AD相关的细胞改变，包括体内氧化应激和异常的细胞周期事件。抑制氧化应激或细胞周期可减轻shMettl3诱导的原代神经元凋亡激活和神经元损伤。通过体外抑制m6A的去甲基化，恢复了m6A的修饰，挽救了METTL3敲低引起的异常细胞周期事件、神经元缺陷和死亡。可溶性Aβ低聚物导致METTL3表达减少，METTL3敲除加剧，而METTL3过表达体外挽救了Aβ诱导的突触PSD95缺失。重要的是，METTL3过表达在体内挽救了Aβ诱导的突触损伤和认知损伤。综上所述，这些数据提示METTL3减少介导的m6A失调可能参与了AD神经变性，这可能是AD治疗的一个靶点。
长链非编码RNA（LncRNA）控制细胞增殖，在食管鳞癌（ESCC）的发生和发展中发挥重要作用。m6A修饰现在被认为是RNA功能的主要驱动因子，以维持癌细胞内稳态。然而，m6A如何调节LncRNA功能及其在ESCC肿瘤发生中的作用尚不清楚。这项研究报道了LncRNA LINC00022通过FTO的m6A去甲基化促进ESCC体内肿瘤的生长。在临床上，发现LINC00022在原发性ESCC样本中上调，并可预测ESCC患者的不良临床结果。在机理上，LINC00022直接与p21蛋白结合，促进其泛素化介导的降解，从而促进细胞周期进展和增殖。此外，ESCC中FTO的升高降低了LINC00022转录本的m6A甲基化，从而通过m6A阅读器YTHDF2抑制了LINC00022的衰减。FTO的过表达可促进LINC00022依赖性的细胞增殖和ESCC肿瘤的生长。本研究证实m6A介导的LncRNA表观遗传修饰参与了ESCC肿瘤的发生，m6A的特异靶点LINC00022可能是ESCC肿瘤的潜在生物标志物。
发热伴血小板减少综合征（SFTS）是由一种新型SFTS病毒（SFTSV）引起的一种新型蜱传播的传染病。本文通过纵向抽样研究，探讨SFTSV感染后转录水平的差异，并对住院患者的转录组和表观遗传特征进行表征。结果显示，从发病到康复，某些基因的mRNA表达发生了显著变化。此外，m6A-seq揭示了某些与免疫调节相关的基因可能受到m6A的调控。除血小板计数、血清ALT、AST水平检测等常规检测外，心肌酶、凝血功能、炎症的明显变化与临床数据和测序数据密切相关，说明临床医师应监测上述指标，跟踪疾病进展，指导个性化治疗。在本研究中，转录本的改变和RNA的修饰可能会为我们对SFTSV的认识提供一个新的视角，并在发现有效治疗该疾病的药物方面发挥重要作用。
mRNA m6A修饰在多个生物学事件中起关键作用，并参与多种复杂疾病。然而，m6A修饰在非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）中自噬的作用仍然很大程度上不清楚。这一研究报道了在NAFLD小鼠模型的肝脏和自由脂肪酸（FFAs）处理的肝细胞中，m6A修饰增加，而异常的m6A修饰归因于脂肪毒性诱导的METTL3上调。METTL3敲除可促进肝脏的自噬流和脂滴（LDs）清除，而过表达METTL3则抑制这一过程。机理上，METTL3直接与Rubicon mRNA结合，介导其m6A修饰。而YTHDF1作为METTL3的伙伴，与m6A标记的Rubicon mRNA相互作用，促进了其稳定性。随后，RUBICON抑制了自噬体-溶酶体融合，进一步阻断了LDs的清除。这项研究结果表明，METTL3和YTHDF1在通过自噬途径调节脂质代谢方面发挥了关键作用，并为NAFLD中m6A mRNA甲基化提供了新的见解。
自然杀伤细胞（NK）在抗肿瘤免疫中发挥关键作用，但其功能如何被表观转录修饰（如m6A甲基化）调控尚不清楚。该研究报道了m6A写蛋白METTL3在肿瘤浸润NK细胞中的表达下降，METTL3蛋白表达水平与NK细胞中效应分子之间呈正相关。METTL3在NK细胞中的缺失改变了NK细胞的稳态，抑制了NK细胞在肿瘤微环境中的浸润和功能，导致小鼠肿瘤的发展加速，生存时间缩短。编码SHP-2的基因被m6A修饰，在METTL3缺陷的NK细胞中其蛋白表达降低。SHP-2活性降低使NK细胞对IL-15反应减弱，这与METTL3缺陷NK细胞中AKT和MAPK信号通路的抑制有关。这些结果表明m6A甲基化保护了NK细胞的稳态和肿瘤免疫监测功能。
天昊生物具有多年基因组、转录组和表观组等多组学检测与分析的经验，m6A RNA甲基化作为表观领域的一大热点，天昊生物自主设计了m6A调控因子（writers/erasers/readers）差异表达分析检测panel，还可以提供m6A修饰整体水平定量检测，并结合MeRIP-seq和RNA-seq挖掘受m6A调控因子影响的下游靶点，同时可对相关的靶点进行MeRIP-qPCR验证。生信团队亦可提供个性化的m6A数据库挖掘与生信分析内容。
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