天昊生物开发的微生物Accu16S®细菌与AccuITSTM真菌绝对定量测序技术,就是一种基于添加内标序列的微生物绝对定量检测方法。本技术通过向样品DNA中添加天昊专利的人工合成已知拷贝数内标序列,然后进行16S/ITS扩增子文库构建、测序,再根据内标序列reads数及其绝对拷贝数绘制出标准曲线,最后可获得样品中OTU代表序列对应的细菌物种绝对拷贝数。利用该方法,我们可以同时获得绝对定量分析结果、常规扩增子相对定量结果,以及相对定量与绝对定量的比较分析结果,可谓“一次检测,三套结果”,数据更加全面准确。
天昊生物绝对定量专利授权书
1、只能获得相对定量结果,可能推导出错误结论;
2、传统qPCR等方法定量费时费力,无法避免跨平台系统误差;
3、针对特殊样本,无法排除PCR抑制剂干扰。
上图为微生物群“相对丰度(Relative abundance)”和“绝对丰度(Absolute abundance)”随时间变化比较示意图。只检测相对定量数据会掩盖了潜在微生物群落的动态变化,使变化过程中的差异更难被发现。(图片来源:Nature,2021)
上图为人类肠道菌群变化与微生物定量方法之间存在差异。本研究发现克罗恩氏病患者(CD)和对照人群(Control)粪便微生物的“相对丰度(RMP)”和“绝对丰度(QMP)”结果,在一些菌属中存在显著性差异。只考虑“相对定量”结果,可能会造成结论的错误或者关键菌属信息的丢失。(图片来源:Nature,2017)
一次检测,三套数据,结果更丰富;
对样本的需求量要求低,避免因样本无备份等造成的无法检测情况;
检测通量高,检测合格范围内各类菌种均可绝对定量;
相对定量和绝对定量数据相互印证,减少传统相对定量假阳性问题;
避免跨平台qPCR定量的系统误差;
内标法比qPCR在定量上具有更高的特异性、灵敏度和更好的一致性;
避免因样本DNA抽提等原因造成的PCR抑制剂残留对结果准确性的影响;
避免qPCR等定量实验碰到的引物设计和优化难题。
截至目前,天昊客户利用微生物绝对定量测序共发表SCI文章51篇,其中JCR分区在Q1区的高分文章多达26篇,研究领域涉及医学、环境、食品、农学和生态等各个领域,样本类型包括人类及动物粪便、土壤、体外发酵液、水体生物膜、酒类发酵物及口拭子DNA样本等。
官方网址:http://www.geneskybiotech.com
往期相关链接:
Nature Biotechnology强烈建议微生物组要用“绝对定量”,指出当前研究未普及微生物组绝对定量检测是“不幸的”;