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多篇Nature强烈建议:微生物真实差异、疾病标记物、核心菌群筛选、模型预测、动态变化、菌群互作网络、群落组装要用“绝对定量”


原创 上海天昊生物 


量化微生物组研究已经越来越受到学者们的关注。此前的微生物组结果更多是根据相对丰度数据进行的分析,忽略了微生物总载量差异造成的相对定量无法反映样本真实情况的问题。微生物的绝对定量比相对定量检测能够提供更全面、更准确的数据信息,可以纠正从相对定量结果中得出的一些错误结论。

今天我们系统的汇总了5篇Nature及子刊文章,主要从微生物真实差异、疾病标记物、核心菌群筛选、模型预测、动态变化、菌群互作网络和群落组装等研究内容出发,再次强调这些分析必须要将“相对定量”替换成“绝对定量”,以便更加准确、更加真实的反映样本微生物组的实际情况!


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  天昊生物开发的微生物Accu16S®细菌与AccuITSTM真菌绝对定量测序技术,就是一种基于添加内标序列的微生物绝对定量检测方法。本技术通过向样品DNA中添加天昊专利的人工合成已知拷贝数内标序列,然后进行16S/ITS扩增子文库构建、测序,再根据内标序列reads数及其绝对拷贝数绘制出标准曲线,最后可获得样品中OTU代表序列对应的细菌物种绝对拷贝数。利用该方法,我们可以同时获得绝对定量分析结果、常规扩增子相对定量结果,以及相对定量与绝对定量的比较分析结果,可谓“一次检测,三套结果”,数据更加全面准确


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天昊生物绝对定量专利授权书


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1、只能获得相对定量结果,可能推导出错误结论;

2、传统qPCR等方法定量费时费力,无法避免跨平台系统误差;

3、针对特殊样本,无法排除PCR抑制剂干扰。


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上图为微生物群相对丰度(Relative abundance)”绝对丰度(Absolute abundance)”随时间变化比较示意图。只检测相对定量数据会掩盖了潜在微生物群落的动态变化,使变化过程中的差异更难被发现。(图片来源:Nature2021


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上图为人类肠道菌群变化与微生物定量方法之间存在差异。本研究发现克罗恩氏病患者(CD)和对照人群(Control)粪便微生物的相对丰度(RMP)”绝对丰度(QMP)”结果,在一些菌属中存在显著性差异。只考虑相对定量结果,可能会造成结论的错误或者关键菌属信息的丢失。图片来源:Nature2017


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  • 一次检测,三套数据,结果更丰富;

  • 对样本的需求量要求低,避免因样本无备份等造成的无法检测情况;

  • 检测通量高,检测合格范围内各类菌种均可绝对定量;

  • 相对定量和绝对定量数据相互印证,减少传统相对定量假阳性问题;

  • 避免跨平台qPCR定量的系统误差;

  • 内标法比qPCR在定量上具有更高的特异性、灵敏度和更好的一致性;

  • 避免因样本DNA抽提等原因造成的PCR抑制剂残留对结果准确性的影响;

  • 避免qPCR等定量实验碰到的引物设计和优化难题。

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截至目前,天昊客户利用微生物绝对定量测序共发表SCI文章51篇,其中JCR分区在Q1区的高分文章多达26篇,研究领域涉及医学、环境、食品、农学和生态等各个领域,样本类型包括人类及动物粪便、土壤、体外发酵液、水体生物膜、酒类发酵物及口拭子DNA样本等。


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上海天昊生物科技有限公司,2008年4月创建于上海浦东张江高科技园区。2014年天昊生物被评为“高新技术企业”。2018年1月,天昊生物获得“科技型中小企业”荣誉称号。2018年3月天昊生物荣获“浦东新区企业研发机构”称号,2023年被评为“上海市专精特新中小企业”。

目前天昊生物在人类医学遗传、动植物和微生物领域已经涵盖了科研服务体系超过100类,迄今已经为国内外近1300多家科研院校、医疗单位和生物公司提供了超过2万多项科研技术服务。
近年来,天昊生物在进行高质量技术服务的同时始终重视自主创新,独立研发了AccuCopy®、 CNVplex®多重DNA拷贝数检测技术,iMLDR®、SNPscan®多重SNP分型方法等具有国际水平的专利技术。另外利用二代测序平台不断研发出多项创新型基因分析技术,如FastTarget®多重目的区域富集测序技术、SSRseq®超高通量SSR分型技术、MethylTarget®及多重目的区域甲基化富集测序技术等。



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官方网址:http://www.geneskybiotech.com


喜报!天昊微生物“Accu16S®细菌绝对定量测序技术”喜获国家发明专利授权

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Nature文章发现微生物群落动态研究绝对定量是关键,内标法比qPCR法定量更好(特异性、灵敏度和一致性更高)
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