唐僧新丝绸路上的跨界调查——“丝绸之路”上动植物基因组调查-科研进展-上海天昊生物-微生物绝对定量测序、宏基因组测序、甲基化检测、单细胞转录组测序、转录组测序、外泌体检测

摘要： 唐僧新丝绸路上的跨界调查——丝绸之路”上动植物基因组调查

作者：玄奘 唐

丝绸之路 -- 古代东西方贸易的货运之路，从古都长安开始，经过河西走廊，翻越天山，走过戈壁荒漠，直通西域。而今天，酷爱旅游的小编将沿着这条线路，带大家看一看动植物基因组学在这里留下的生命印迹。

1、西安 --丝绸之路的起点，吃货们的天堂

西安除了作为历史上的十三朝古都外，更是吃货们的天堂：秦豫肉夹馍、魏家凉皮、果渊斋米家泡馍馆、老白家水盆羊肉……，但是“猪和羊”们却高兴不起来，只有被磨刀霍霍的份了。

吃饱了学习起来，看看那些测序完成的“猪和羊”们的基因组情况：

物种	拉丁名	刊物及发表时间	基因组大小	测序方法、策略、测序深度	组装情况及指标
家猪	Sus scrofa	Nature, 2012.11	2.6 Gb	Sanger, Whole-genome shotgun, 4X	Contig N50=80.7 kb, Scaffold N50=637.3 kb
藏猪	Tibetan wild boar	Nature Genetics, 2013.1	2.43 Gb	Whole-genome shotgun, 131X	Contig N50=20.7 kb, Scaffold N50=1.1 Mb
五指山猪	Sus scrofa	Giga Science, 2012.11	2.6 Gb	Whole-genome shotgun， 126X	Contig N50=23.5 kb, Scaffold N50=5.4 Mb
家山羊	Capra hircus	Nature Biotechnology, 2012.12	2.92 Gb	Illumine GA	Contig N50=18.7 kb, Scaffold N50=3.06 Mb
绵羊	Ovis aries	Science, 2014.6	2.6 Gb	Illumine Hiseq 2000, 120X	Contig N50=40 kb, Scaffold N50=2.2 Mb
藏羚羊	Pantholops hodgsonil	Nature Communications, 2013.6	2.75 Gb	Illumine GA, 68X	Contig N50=18.6 kb, Scaffold N50=2.76 Mb
小麦A	Triticum urartu	Nature， 2013.3	4.94 Gb	Illumine Hiseq 2000, 91X	Contig N50=3.42 kb, Scaffold N50=63.69 kb
水稻	Oryza sativa L.	Science, 2012.4	466 Mb	Sanger, 4.2X	Contig N50=6.69 kb, Scaffold N50=11.76 kb

2、兰州 --“两山一河”中孕育出的“金城”

吃碗牛肉拉面，喝瓶黄河啤酒，趁着微醺来个羊皮筏子漂流，兰州这座两千多年的古城散发出来的惬意，绝不会让来这里的人失望。

3、敦煌-- 古丝绸之路的第一枢纽

作为枢纽重镇，敦煌可以说是丝绸之路上最璀璨的文化明珠。莫高窟看看壁画，月牙泉旁骑骑骆驼，鸣沙山里追追小蜥蜴，都是不会忘记的美妙体验。

物种	拉丁名	刊物及发表时间	基因组大小	测序方法、策略、测序深度	组装情况及指标
双峰驼	Camelus bactrianus	Nature Communications, 2012.11	2.38 Gb	Illumina GAIIx, ABI SOLiD，Roche GS454	Contig N50=85.3 kb, Scaffold N50=2 Mb
绿蜥蜴	Anolis carolinensis	Nature， 2011.9	1.78 Gb	Sanger, 6X	Contig N50=79.9 kb, Scaffold N50=4 Mb
壁虎	Gekko japonicus	Nature Communications, 2015.11	2.52 Gb	Illumine Hiseq 2000, 131.4X	Contig N50=21.1 kb, Scaffold N50=685 kb

4、新疆--丝绸之路的美好归宿

新疆好地方！那里神秘而又美丽，遥远而又熟悉。去那里我们既可以尽赏美景：新疆轮台赏胡杨、昭苏草原看油菜花……，又可以一路吃过去：哈密的瓜（一种甜瓜var.saccharinus变种），吐鲁番的葡萄，库尔勒的梨，阿克苏的苹果，和田的大枣，叶城的石榴……

物种	拉丁名	刊物及发表时间	基因组大小	测序方法、策略、测序深度	组装情况及指标
胡杨	Populus euphratica	Nature Communications, 2013.11	593 Mb	Illumine Hiseq 2000, 112X	Contig N50=40.4 kb, Scaffold N50=482 kb
油菜	Brassica napus	Science, 2014.8	525.8 Mb	Sanger, 0.1X Roche 454, 21.2X, Illumina HiSeq, 53.9X	Contig N50=10.22 kb, Scaffold N50=777.3 kb
棉花	Gossypium raimondii	Nature, 2012.12	761.4 Mb	Roche 454, Illumina GAIIx	Contig N50=135.6 kb, Scaffold N50=62.2 Mb
甜瓜	Cucumis melo L.	PNAS, 2012.7	450 Mb	Roche 454, 39X	Contig N50=18.2 kb, Scaffold N50=4.68 Mb
葡萄	Vitis vinifera	Nature, 2007	490 Mb	Sanger, 8.4X	Contig N50=65.9 kb, Scaffold N50=2.07 Mb
枣	Ziziphus jujube Mill.	Nature Communications, 2014. 1	438 Mb	Whole-genome shotgun	Contig N50=33.95 kb, Scaffold N50=310.04 kb
梨	Pyrus bretschneideri	Genome Research, 2012.11	527 Mb	Illumine Hiseq 2000, 194X	Contig N50=35.7 kb, Scaffold N50=540.8 kb
苹果	Malus domestica Borkh.	Nature Genetics, 2010.9	742 Mb	Sanger, 4.25X, Roche 454, 12.75X	Contig N50=13.4 kb, Scaffold N50=1.5 Mb

最后，还要感谢两大功臣--蚕宝宝和桑树。没有它们，可能就没有真正意义上 “丝绸”之路的兴旺与繁荣了。

物种	拉丁名	刊物及发表时间	基因组大小	测序方法、策略、测序深度	组装情况及指标
家蚕	Bombyx mori	Science, 2004.12	428.7 Mb	Sanger, whole-genome shotgun, 5.9X	Contig N50=12.5 kb, Scaffold N50=26.9 kb
桑树	Morus notabilis	Nature Communications, 2013.9	357 Mb	Illumine Hiseq 2000, 236X	N50=34 kb, Scaffold N50=390 kb