1】Science子刊：RNA测序助力孟德尔疾病的诊断

文章题目：Improving genetic diagnosis in Mendelian disease with transcriptome sequencing.
       外显子和全基因组测序在孟德尔病诊断中越来越常用。尽管成功案例很多，但目前各种罕见疾病基于基因组分析的诊断率仅为25％-50％，因为DNA测序通常很难鉴定出的致病性突变，如致病性的剪接位点变异。本文的研究团队尝试采用转录组测序（RNA-seq）作为补充诊断工具，并在50名未确诊的罕见肌肉疾病患者队列中检验RNA-seq诊断的实用性。研究团队对患者肌肉组织和超过180个对照骨骼肌样本的RNA-seq数据进行综合分析，重点寻找患者特有的转录本。研究发现，RNA-seq成功验证了候选剪接突变，并可以识别在外显子和内含子区域中剪接变异体，总体诊断率为35％。同时，研究者还检测到COL6A1基因内含子区一个频发的新生突变，它破坏了三螺旋结构域的关键甘氨酸重复基序。在另一个胶原VI样营养不良队列中，有27例未诊断患者被检测到存在这一变异，因此解释了大约25％的前期基因组检测阴性的VI型胶原营养不良患者。总体而言，这项研究探究了转录组测序对罕见疾病诊断的应用价值，体现了其对目前标准诊断方法遗漏变异的检测和解释的实用性。
 
2）Science：单细胞转录组测序，小细胞反映大问题

文章题目：Comprehensive single-cell transcriptional profiling of a multicellular organism.
         为了阐述细胞异质性问题，研究者开发了组合索引策略来描述单个细胞或核的转录组，称为sci-RNA-seq（单细胞组合指数RNA测序）。研究者应用sci-RNA-seq分析了秀丽隐杆线虫L2幼虫阶段的近5万个细胞，实现了体细胞组成50倍以上的“霰弹枪”细胞覆盖。从这些数据中，研究者定义了27种细胞类型的共识表达谱，并且定义出L2蠕虫中仅有一个或两个细胞的稀有神经元细胞类型。研究者后续将这些表达概况与线虫整体组织的染色质免疫沉淀测序数据整合，从而对转录因子的细胞类型特异性影响进行分析。由sci-RNA-seq产生的数据目前构成了线虫生物学的强大资源，同时也预示其他生物体存在类似的基因库。

文章题目：Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq.
        为了探索黑色素瘤肿瘤的基因型和表型状态，研究者将单细胞RNA测序（RNA-seq）应用于从19例患者分离的4645个单细胞，分析恶性，免疫，基质和内皮细胞的转录组状态。分析结果显示：同一肿瘤中的恶性细胞表现出细胞周期，空间环境和耐药性相关基因的转录异质性。而且，所有肿瘤都含有两种不同转录状态的恶性细胞，即以高水平MITF转录因子为特征的肿瘤细胞和具有低MITF和高AXL激酶水平的细胞。单细胞分析结果提示了不同的肿瘤微环境模式，包括细胞与细胞的相互作用。肿瘤浸润性T细胞的分析显示，其T细胞活化和克隆扩增程序相关基因表达很低，并且在患者身上存在变异性。总体而言，本研究有助揭示肿瘤的多样性细胞生态系统，这不仅对肿瘤中的癌细胞异质性，也对可能影响癌症行为和对治疗作出的反应的T细胞和其他细胞，提供深入认识。
3）Nature Methods：换个分析角度说不定有惊喜！

文章题目：Allele-specific expression reveals interactions between genetic variation and environment.
        识别遗传学与环境之间的相互作用（GxE）一直是个科学难题。我本研究开发了EAGLE分析模式，即一种基于环境变量和等位基因特异性表达之间的关联来识别GxE相互作用的分层贝叶斯模型。研究者通过结合全血RNA-seq与从922例参与个体收集的广泛的环境注释信息，经过EAGLE分析确定了35个 GxE相互作用，而使用标准的GxE相互作用分析模式只能找到其中4个。 EAGLE为研究人员提供了使用功能基因组数据识别GxE相互作用的新机会。
4）Nature： 转录组测序技术解决失眠问题？让我期待一下！

文章题目：Identification of preoptic sleep neurons using retrograde labelling and gene profiling.
        在人类和其他哺乳动物物种中，下丘脑视前区（POA）的病变会引起深度的睡眠障碍，表明POA区域在睡眠中的重要作用。然而，目前POA区域的神经回路机制仍然很少了解。电生理记录和c-Fos免疫组织化学试验显示在POA区域有睡眠期活动神经元的存在，特别是在腹外侧区域和核心区。 c-Fos标记的睡眠活动神经元的药物代谢活化表明其可以诱导睡眠。然而，睡眠活动神经元在空间上与唤醒活动的神经元混合，使得难以将睡眠神经元专门区分出来用于回路分析。
        本研究中，研究者根据其投射目标确定了一系列POA区睡眠神经元，并发现了这些神经元的分子标记。通过病毒示踪，研究者表明投射到结节细胞核的前视区GABA能神经元兼具睡眠活动和睡眠促进状态。此外，基于核糖体亲和纯化和单细胞RNA测序鉴定了这些神经元的候选标记，光遗传和药物遗传操作证明了几种肽标记（缩胆囊素，促皮质激素释放激素和速激肽1）可以标记睡眠促进神经元。综上这些发现为操纵睡眠促进前视区神经元提供了简单的分子机制，同时也为睡眠控制回路研究提供了非常有价值的切入点。