如何使用Rstudio练习R基础教程

生信团上海天昊生物

昨天发表《R相关软件及R包安装》后，我们后台就收到了大量获取软件的回复，有很多初学者也下载了R相关软件，与此同时小编也收到部分客户练习heatmap的过程当中反应加载包和读取文件有报错的情况，相信其他人可能也会遇到这个问题。

万事开头难，从入门到放弃，你也许只是没有趁手的工具而已（或者工具的使用熟练度不够）。本着扶上马，送一程的精神，小编以heatmap这篇文章为例，总结了一个使用Rstudio练习R的教程，拿走不谢。

一

获取源码和数据

1. 在天昊生物公众号回复heatmap，获取数据

代码和数据下载：

链接：

https://pan.baidu.com/s/1L2B_DDUUvfYzifjgxAb4fg

提取码：mbk2

2. 下载数据

二

使用Rstudio

1. 导入下载的r文件

File -> Open File -> 点击文件【零基础学绘图】之绘制heatmap图（三）.r -> 点击open ,如下图所示

2. 确认下载文件的绝对路径

如下图所示，文件下载到桌面，路径是C:UsersAdministratorDesktopheatmap

【零基础学绘图】之绘制heatmap图（三）.r ：R 脚本文件

Differential_Expression_Genes.txt ：基因表达量数据

gene_group.txt：基因分组信息

sample_group.txt：样品分组信息

3. 修改工作路径

代码不能运行成功，很大的可能是因为工作路径不对，这里我们在源代码前几行先确认一下工作路径，看是否需要修改。

确认工作目录：

输入getwd(), Ctrl + Enter 键运行该命令，发现工作目录是 "C:/Users/Administrator/Documents"，不是脚本所在目录；

切换目录：

输入setwd('C:/Users/Administrator/Desktop/heatmap'),切换成脚本所在目录；

再次确认工作目录：

输入getwd()，确认目录已经是脚本所在目录了。

这一步主要是确认后续使用read.table命令，能在当前读取到文件Differential_Expression_Genes.txt

注意输入法全程要用英文。目录是 / ，而不是。

示例中的 library(pheatmap) 如果出现报错，install.packages('pheatmap') 先安装该包

4. 依次运行代码

如下图所示，对剩余代码依次按键盘 Ctrl + Enter

5. 体验逐步运行的过程，理解代码

第4步依次运行，基本不会出现报错。但是如何理解每一步执行的目的，这里我们可以结合之前写的参考文章去理解,文章链接点击下图方框部分。

往期相关链接：

R相关软件及R包安装；

【绘图进阶】之交互式可删减分组和显示样品名的PCA 图（三）；

【绘图进阶】之绘制PCA biplot图(二)；

【进阶篇绘图】之带P值的箱体图、小提琴图绘制（一）；

3分钟学会CHIP-seq类实验测序数据可视化 —IGV的使用手册；

10分钟搞定多样性数据提交，最快半天内获取登录号，史上最全的多样性原始数据提交教程；

【零基础学绘图】之绘制venn图（五）；

【WGS服务升级】人工智能软件SpliceAI助力解读罕见和未确诊疾病中的非编码突变；

【零基础学绘图】之绘制barplot柱状图图（四）；

【零基础学绘图】之绘制heatmap图（三）；

20分钟搞定GEO上传，史上最简单、最详细的GEO数据上传攻略；

【零基础学绘图】之绘制PCA图（二）；

【零基础学绘图】之alpha指数箱体图绘制（一）；

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作者：大熊

审核：有才

来源：天昊生信团

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