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 miRNA靶基因预测软件__miRWalk 3.0


生信团 上海天昊生物 

miRWalk 3.0 数据库介绍： 
是一款集靶基因预测、miRNA与基因互作、靶基因富集的综合性分析工具，当前被文献引用超过96篇，网址：http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

miRWalk 3.0 新特性：
1、包括了TargetScan和miRDB这两个靶基因预测数据库的结果
2、包括了miRTarBase实验验证的数据库
3、采用TarPmiR算法预测基因的CDS，5'UTR和3'UTR和miRNA的靶基因
4、相对miRWalk 2.0，结果会更准确，界面操作也更加简单方便


文章引用miRWalk：
Sticht C, De La Torre C, Parveen A, Gretz N.: miRWalk: An online resource for prediction of microRNA binding sites. PLoS One. 2018 Oct 18;13(10):


 

 

一

如何搜索靶基因

 

1.1 输入单个miRNA,搜索对应的靶基因

 
 
1.2 输入基因名，搜索对应的miRNA

 
 
1.3 批量查找miRNA对应的靶基因
选择Target Mining，输入mmu-miR-1306-5p、mmu-miR-378d，提交。

 

 

 

二

数据过滤和导出

 

2.1 数据过滤

 

 

AU: 本地AU含量,反映了预测位点上游和下游30nt的转录AU含量。

Me: 表示 m/e motif，此功能与miRNA不同位置的配对概率有关。

未进行过滤，Graph可能会因为显示基因太多而报错。

 

2.2筛选经过验证的靶基因

 

 

点击Graph

 


 

 

三

靶基因通路富集分析

 

仅用P值进行过滤，筛选到5087个靶基因，进行富集分析，结果如下图所示：

 
R-MMU-1250347_SHC1 events in ERBB4 signaling 结果预览


 

 

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作者：大熊

审核：有才

来源：天昊生信团

 
 

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