SSR分型+线粒体测序，助力动物研究登陆顶级分子进化杂志

表1、利用nDNA和mtDNA对狮子历史群体与现代群体的遗传多样性分析。N =样本量，HE =预期杂合性，A =等位基因丰富度，PA =特有等位基因，M = Garza-Williamson指数，s =分离位点，π =核苷酸多样性，Hd =单倍型多样性，H =单倍型数量，PM =特有突变。Trend为基于均值比较的显著性，表明从历史到现代群体的变化趋势。

在MD群体中观察到精细尺度群体结构，但在HD群中没有观察到。对MD群体的层次结构分析得到了四个层次的结构：大陆(K=2)、次大陆(K=4)、地区(K=6)和地方(K=11) (图2)。

图2、基于9个SSR的群体结构分析确定的现代MD狮子的4个层次。

图3、在历史和现代群体狮子样本中根据9个SSR位点的主坐标分析(PCoA)结果。

线粒体基因组系统发育树分析确定了4个主要分支：南方、混合、东方和西方。

图4、基于线粒体基因组的系统发育树。

1）本研究通过对nDNA SSR和mtDNA的比较，发现现代样本中存在大量的基因流动，并有证据表明，最近可能由于栖息地的碎片化，导致局部亚群被隔离及遗传多样性的丧失。

2）尽管现代狮子呈现出精细的种群结构，但历史上的种群缺乏任何明显的结构，这表明仅在一个世纪前，狮子还只是一个随机交配的种群。这一结果得到了结构分析和PCoA的支持。现代群体聚集成四个次大陆群体，这即使在亚洲和非洲之间的历史群体中也找不到。

3）历史和现代mtDNA显示出与核数据截然不同的模式。尽管基于SSR的多样性显著下降，但mtDNA多样性一直保持不变。线粒体基因是母系遗传的，非洲各亚群之间很少或没有雌性介导的基因流动。而雄狮则相对分散。因此，雌性狮子决定mtDNA的群体结构，随着时间的推移保持mtDNA多样性不变。

4）基于科学的管理有助于减轻nDNA多样性的丧失和mtDNA多样性的持续保护。需要恢复和保护自然野生动物走廊，增加狮子亚群之间的基因流动，减少栖息地碎片化的影响。


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