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【昊工具】A基因的DNA甲基化和B疾病到底相不相关？记得查查这2个数据库！

 


原创 上海天昊生物 
 

  • 简介：收录大量的人类疾病相关异常甲基化组学数据，主要为肿瘤样本的甲基化组数据，也有部分复杂疾病的甲基化组数据。
  • 疾病类型



 

  1. 肿瘤TCGA数据库数据（33种肿瘤类型的450K芯片数据，11种肿瘤类型的27K芯片数据）
  2. NCBI GEO数据库数据（51种疾病类型的450K,27K和RRBS测序数据）
  3. 其他类型数据 （来源于文献、其他数据的相关甲基化数据）



 

  • 查询流程



 

1、GeneSearch：查询基因名称或者基因组区域，获得这个基因或者区域在存在组间差异的疾病类型样本中的甲基化差异分析结果（均值，P值和图示）

如：搜索DEFB119基因
结果展示存在组间甲基化差异的疾病类型列表：
 


 

点击具体疾病类型中的+Show按钮，可获得该基因所有探针在本疾病类型样本中的差异热图：




 

2、DiseaseSearch：直接选定疾病类型，搜索基因的甲基化差异分析结果


 
3、AdvanceSearch：直接选定疾病类型、甲基化检测平台，搜索基因的甲基化差异分析结果
 

 
4、更进阶的分析功能：可选择多个疾病，多个基因，除了常规的差异甲基化分析，还有生存分析，基因之间的相关性分析，疾病之间的相关性分析等


结果展示：

1、差异甲基化分析



 

2、基因与疾病相关性证据（来源于差异甲基化分析；文献；多态关联数据库等）



 

3、搜索基因上探针的甲基化热图展示：



 

4、肿瘤样本中的生存分析



 

5、基因-基因相关性分析



 

6、疾病-疾病相关性分析



 

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 EWAS Atlas 

 

网址：https://bigd.big.ac.cn/ewas/index
简介：中国国家基因组科学数据中心建立的多种疾病、多种样本类型的甲基化差异分析查询数据库。
样本和数据类型如图，部分数据还有年龄、抽烟等临床表型数据。



 

1）文章数最多的样本类型



 

文章数最多的表型



 

3）数据库的数据类型占比



 

查询（以基因AHRR为例），可查看这个基因相关表型（traits），基因上的探针（probe），基因在各组织表达情况（Genes），相关的研究（studies）和发表文献（publications）。




 

多个目标探针的分析（EWAS toolkit）：包括表型相关性分析，GO和KEGG富集分析，探针区域的染色质状态和组蛋白修饰结果等(该分析速度较慢)。

 


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