iMLDR? SNP分型技术助力解析中国人群肺结核易感性-科研进展-上海天昊生物-微生物绝对定量测序、宏基因组测序、甲基化检测、单细胞转录组测序、转录组测序、外泌体检测

iMLDR® SNP分型技术助力解析中国人群肺结核易感性

基于中国人群的肺结核易感性关联研究成果近日由天昊生物客户发表在《Scientific Reports》期刊上。天昊小伙伴们感谢成都华西医院研究团队对天昊生物iMLDR® SNP分型专利技术的认可。
这种专利技术助力客户获得研究成果的热浪，小编觉得可以多来几波~~

文章简介
标题：Pathway Analyses Identify NovelVariants in the WNT SignalingPathway Associated with Tuberculosis in Chinese Population
期刊名称：Scientific Reports
发表时间：2016年7月23号

研究背景

疾病类型：中国人群肺结核疾病（Tuberculosis，TB）
该病核心关键词：世界1/3人群感染结核分枝杆菌，但仅有5-10%感染者会进展为肺结核；宿主（人类）的遗传变异参与决定肺结核易感性；
研究亮点：经典而又全面的基于通路的复杂疾病关联研究。

小编今天不罗列具体实验结果，我们就关注作者是如果对关联研究几个核心问题进行设计的。

核心内容1—选择基因
Wnt信号通路是一种在进化中高度保守的信号通路，在个体发育、稳态过程以及调节宿主对病原微生物的免疫反应等多种生物学过程中发挥重要作用。近期研究提示Wnt信号通路参与TB的疾病发生（如：Wnt/β-连环蛋白（catenin）信号通路增强引发结核分枝杆菌感染细胞凋亡，促进促炎因子TNFa和IL6的生成）。本研究选择了这个通路的7个基因用于后续研究。
核心内容2—选择SNP

选择功能区SNP: 外显子区；启动子区；非翻译区
中国北京汉族MAF>0.05

核心内容3—样本设置
第一阶段：832例活跃TB患者和1084例年龄性别匹配对照（汉族）
第二阶段：480例活跃TB患者和450例龄性别匹配对照（藏族）
TB患者纳入标准：涂片/培养/TB-DNA阳性（排除HIV感染者，肺部或其它感染疾病患者，处于免疫抑制状态患者
对照纳入标准：同时满足以下条件--健康献血者；γ干扰素释放试验分析技术结果阴性；无TB病史；体检结果正常

核心内容4—统计方法

关联分析采用逻辑回归，基于等位基因频率差异和3种遗传模型（加性，显性，隐性）
矫正年龄，性别，BMI协变量
Bonferroni多重矫正
单倍型关联分析
GMDR软件基因-基因互作分析

核心内容5—获得阳性位点

CTNNB1 基因中三个SNPs (rs9859392, rs9870255，rs3864004)的关联结果在两阶段样本中获得验证。并且阳性结果来源于加性和显性模型。

核心内容6—功能验证

探讨第一阶段6个阳性SNP与所在基因表达水平关联性（50例患者，29例对照）

主要关注点：基因在患者/对照样本中有表达差异吗？3个SNP与该基因表达水平存在相关性吗？（在79例总样本里相关，还是仅在50例患者样本中存在相关）

探讨CTNNB1基因上3个阳性SNP对该基因转录水平的影响----基于luciferase报告基因检测
探讨CTNNB1基因上3个阳性SNP对该基因蛋白水平的影响（16例TB患者，健康对照）

结论：好文章离不开创新或者精巧的研究思路。经典关联研究做到如此全面细致，值得学习借鉴。