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天昊生物Accu16S®细菌与AccuITSTM真菌绝对定量测序专利新技术简介



天昊生物Accu16S®细菌和AccuITSTM真菌绝对定量测序专利技术服务,可以完美的解决国内同类相对定量扩增子测序服务只测比例,不知数量的技术痛点,一个样本单次检测,即可同时获得样本微生物多样性的相对比例绝对数量,让样本总菌和特定菌种的绝对数量结果唾手可得。

我们的服务一经推出,便获得了客户和市场的高度认可。截至20227月,公司检测项目累计已达数百项,客户发表SCI文章32篇,其中JCR分区在Q1区的文章高达19篇,这些数据充分说明天昊生物绝对定量专利技术已经得到了高水平杂志的普遍认可,在微生物多样性绝对定量检测领域处于国内领先地位。今天就跟大家盘点一下绝对定量在医学、环境农学以及食品研究领域的客户文章发表情况。



天昊合作客户微生物绝对定量测序专利技术文章列表

医学领域(部分)


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环境农学领域(部分)


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医学领域代表文章



代表文章1:

-骨轴调控股骨头坏死机制重大发现


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中文题目:糖皮质激素诱导的肠道有益菌胞外囊泡的减少与骨坏死发病相关
发表期刊Science Advances
影响因子:14.957
发表时间:20224
研究目的:探究肠道菌群在糖皮质激素诱导股骨头坏死中的作用
样本类型:小鼠粪便
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略2个分组x2种处理x3个重复,共12
研究内容:
研究者收集了来自糖皮质激素类药物甲泼尼龙处理(MPS)和对照(Vehicle)的常规饲养(Non-Ch)和同窝饲养(Ch)雄性小鼠的粪便样品,进行了Accu16S®细菌绝对定量测序,分析肠道菌群差异,寻找起到骨保护作用的关键有益微生物。
研究结论:


在这项研究中,作者通过巧妙的实验设计及详实可信的结果,首次发现了肠道菌群中的有益菌L. animalis可通过向宿主传递功能性胞外囊泡发挥骨保护作用,糖皮质激素导致的L. animalis及其胞外囊泡的减少与股骨头坏死发病相关,为该病的防治提供了新的思路。


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摘自原文图3:与健康小鼠同窝饲养缓解了糖皮质激素导致的L. animalis减少,移植L. animalis可对抗糖皮质激素导致的股骨头坏死。

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喜讯!天昊Accu16S细菌绝对定量技术助力客户股骨头坏死研究登陆Science子刊《Science Advances》






代表文章2:

帕金森病与肠道菌群新成果




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中文题目:利用网络药理学与细菌绝对定量相结合的方法探讨天芪平颤颗粒抗6-OHDA诱发大鼠帕金森病的作用机制


发表期刊:Frontiers in Nutrition
影响因子:6.590
发表时间:20225
研究目的:探讨天芪平颤颗粒(TPG)治疗帕金森病(PD)的机制
样本类型:大鼠粪便
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:3个分组 x 4个重复,共12 
研究内容:
研究利用6-羟基多巴胺(6-OHDA)注入成年雄性大鼠右脑来建立PD大鼠模型。所有大鼠随机分为三组Sham组、PD组和TPG组,每组4只。TPG组大鼠每天灌胃TPG一次,对照Sham组和PD组大鼠用无菌生理盐水灌胃。收集大鼠粪便,进行Accu16S®细菌绝对定量测序检测。此外,还利用大鼠血液样本,通过ELISA实验分析了血清炎性细胞因子的浓度,并利用免疫组化实验,观察了大鼠脑组织中小胶质细胞增生和星形胶质细胞增生的情况。
研究结论:


本研究通过网络药理学和大鼠肠道菌群等实验相结合的方法,鉴定了与PD相关的73个化合物和235个靶基因。根据通路富集分析及16S rRNA测序结合的方法,验证了TPG可以改善肠道菌群,抑制PD的炎症反应,成功揭示了TPG在抗PD中的作用机制。


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摘自原文图6:不同处理大鼠肠道菌群组成差异:(A-C)在纲水平的绝对丰度差异;(D-F)在目水平上的绝对丰度差异;(G-I)在科、属和种水平上的绝对丰度差异。

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专利技术新文 | 天昊Accu16S细菌绝对定量测序专利技术在帕金森病研究中的新进展






代表文章3:

阴道炎治疗与肠道菌群研究




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中文题目:准确的16S绝对定量测序揭示复方芙蓉泡腾栓治疗混合性阴道炎的阴道微生态组成和动态


发表期刊:Frontiers in Cellular and Infection Microbiology
影响因子:6.073
发表时间:20225
研究目的:探讨复方芙蓉泡腾栓在治疗混合性阴道炎中对阴道微生态组成和动态的影响
样本类型:阴道拭子
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:2个治疗组 x 3个治疗阶段 x 多重复,共80名患者获得的204个样本
研究内容:
本研究将患者随机分为两组:阳性对照组(C组:克林霉素磷酸酯乳膏-克林霉素组)和实验组(T组:复方芙蓉泡腾栓-芙蓉组)。筛选期设定为基线(V1阶段:-2-0天),两组患者连续用药12天(每晚1次)。在治疗期后3-5天(V2阶段:15-17天)和治疗期后28±3天(V3阶段:40±3天)回医院检测。每次回访,参与者接受了常规实验室检查,并取两份阴道拭子,一份用于NugentDonders的评分,另一份保留在-80ºC,用于Accu16S®细菌绝对定量测序。
研究结论:


本研究发现,Accu16S®细菌绝对定量测序技术在准确评估阴道微生物组的动态和治疗期间的药物效果方面优于传统的相对定量RQS方法。实验结果证明,复方芙蓉泡腾栓治疗AV+BV的疗效与克林霉素相同,可以很好地促进阴道微生态的恢复。


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摘自原文图4:克林霉素组和芙蓉组在属(A)和种(B)水平上主要分类群的相对和绝对丰度。(TaTbTc分别代表芙蓉组的V1V2V3阶段;CaCbCc分别代表克林霉素组的V1V2V3阶段)。

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项目新文:天昊Accu16S细菌绝对定量测序在中药治疗阴道炎研究中的新成果






代表文章4:

头颈癌与肠道菌群研究




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中文题目:利用定量微生物图谱分析来比较口咽、下咽鳞状细胞癌及其邻近组织中的微生物


发表期刊:Journal of Oral Microbiology
影响因子:5.833
发表时间:20225
研究目的:探讨使用绝对定量方法来评估头颈癌不同样本类型微生物多样性差异
样本类型:组织样本和口咽拭子样本
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:3种样本 x 27个重复
研究内容:
本研究收集了27名下咽鳞状细胞癌(HPSCC)患者的下咽癌组织(HC)、癌旁组织(AT)和口咽粘膜拭子(OPM)这三种不同的样本。使用两个拭子对口咽粘膜(OPM)上的微生物进行采样,刮取共20 mg的癌及癌旁组织,样品快速储存在-80ºC,用于Accu16S®细菌绝对定量测序。
研究结论:


本研究结果发现,与HCAT组相比,OPM组的菌群呈现出多样性较低的特点。细菌绝对定量(QMP)补充了传统的相对定量(RMP)结果,发现了与RMP相反的数据,展示了QMP更加全面性的优势。在QMP分析下HC组进行分类,发现在晚期T分类和TNM分期中,属水平的存在更多的FusobacteriumParvimonasDialister。研究表明,口咽拭子可能是一种有用的非侵入性替代活检的方法,用于HPSCC中微生物的评估。


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摘自原文图3:微生物相对丰度与绝对丰度的网络重建图。

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祝贺!天昊Accu16S细菌绝对定量技术助力客户头颈癌研究新发现






文章代表5:

骨质疏松症与肠道菌群研究




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中文题目:高通量绝对定量测序揭示汉族老年人骨质疏松症相关肠道微生物的变化


发表期刊:Frontiers in Cellular and Infection Microbiology
影响因子:6.073
发表时间:20214
研究目的:探讨肠道微生物与骨质疏松症风险的关系
样本类型:人类粪便
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:44名骨质疏松症患者和64名对照者
研究内容:
本研究利用Accu16S®细菌绝对定量测序对44例骨质疏松症患者和64名对照者粪便细菌的绝对和相对丰度进行了检测,结合研究者之前对175个样本的相对丰度一同进行了分析。
研究结论:
本研究结果发现,与对照组相比,骨质疏松症患者体内Bacteroides属和Eisenbergiella属的绝对和相对丰度较高。肠道微生物的组成可能会增加骨质疏松的风险。本研究为异常肠道微生物菌群在骨质疏松症发病中的潜在作用提供了流行病学证据。




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摘自原文图2骨质疏松症组和对照组在门(A)和属(B)水平的主要分类群的相对和绝对丰度。


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医学、农学新应用,天昊Accu16S细菌绝对定量测序技术在骨质疏松和农业复垦领域收获新文






文章代表6:

肝细胞癌与肠道菌群研究




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中文题目:粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子可以通过改善肠道失调和减轻炎症来保护小鼠免受肝细胞癌侵害


发表期刊:World Journal of Gastroenterology
影响因子:5.374
发表时间:20209
研究目的:探讨粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子是否能够通过肠道菌群来保护小鼠免受肝细胞癌(HCC)侵害
样本类型:小鼠粪便
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:3个分组共36
研究内容:
本研究将36只雄性小鼠分为3组:对照组(n=10)、HCC组(n=13)和HCC+GM-CSF组(GM-CSF过表达,n=13)。实验利用HCC细胞建立了GM-CSF正常和过表达的HCC原位移植瘤模型。确定了肝损伤、系统性炎症和肠屏障功能。使用Accu16S®细菌绝对定量测序和气相色谱-质谱(GC-MS)分析粪便微生物组和代谢组学特征。
研究结论:


本研究结果显示GM-CSF过表达显著影响HCC小鼠的肠道微生物群。同样,GM-CSF过度表达导致粪便中生物素和油酸水平显著增加,粪便中琥珀酸、腺苷、富马酸、硫辛酸和马来酸水平显著降低。GM-CSF诱导的肠道微生物群和粪便代谢物主要参与减轻炎症反应、生物素代谢和肠屏障功能障碍有关的途径。结果表明GM-CSFHCC发展具有保护作用,这些作用可能是由GM-CSF对免疫的调控进而影响肠道微生物及其代谢产物来实现的。这项研究为HCC的治疗提供了新的见解。


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摘自原文图6对照组、HCC组和HCC+GM-CSF组之间的代表性微生物属,特征代谢物,环境因子(肝脏和肠道损伤指数)的相关性分析。

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天昊16S扩增子绝对定量测序项目新文:粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子通过改善肠道失调和减轻炎症来保护小鼠免受肝细胞癌侵害






代表文章7:

肠道菌群体外发酵研究




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中文题目:三种双歧杆菌的共生关系导致双歧杆菌在含有唾液酸化免疫球蛋白G的人类肠道菌群体外发酵中数量增加


发表期刊:Journal of Agricultural and Food Chemistry
影响因子:5.895
发表时间:20208
研究目的:采用体外厌氧发酵法研究了唾液酸化免疫球蛋白GIgG)对肠道菌群的影响
样本类型:人类粪便体外发酵液
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V4区)
取样策略4个分组x3个重复,共12
研究内容:
本研究从5名健康成年志愿者(3名男性和2名女性)获取新鲜粪便样本用于发酵。之后利用Accu16S®细菌绝对定量测序,分别对粪便未发酵组(OR组);体外发酵24小时,添加葡萄糖作为唯一的碳源组(G组);体外发酵24 h,添加唾液酸化的IgG作为唯一的碳源组(SG组)和体外发酵24 h,添加非唾液酸化的IgG作为唯一碳源组(IG组)样本进行检测。
研究结论:


添加唾液酸化IgG能显著促进双歧杆菌的生长。三种双歧杆菌种被成功分离,并在唾液酸化IgG培养基中表现出共培养生长特性,游离单糖和N-聚糖结构的变化也支持了这一特性。这些结果表明,双歧杆菌体外发酵的增加是由于三种双歧杆菌利用唾液酸化IgG释放的糖而形成了共生关系。


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摘自原文图2LEfSe分析(a)、属水平群落结构柱状图(b)和属水平上的益生菌和病原体的相对丰度(c)。
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天昊16S扩增子绝对定量测序项目新文:三种双歧杆菌共生关系导致双歧杆菌在含有唾液酸化免疫球蛋白G的人类肠道菌群体外发酵中数量增加







代表文章8:

金针菇多糖抗炎与肠道菌群研究




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中文题目:金针菇β-型糖苷多糖对结肠炎小鼠的抗炎及肠道菌群调节作用


发表期刊:Food & Function
影响因子:6.317
发表时间:20205
研究目的:探讨金针菇多糖(FVP)对结肠炎小鼠抗炎及肠道菌群的影响
样本类型:小鼠粪便
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:4个分组x12个重复,共48
研究内容:
本研究将48只小鼠随机分为4组(SDSD-FVPDSSDSS-FVP):SD组和SD-FVP组在实验期间给予纯水。在DSS组和DSS-FVP组,在第7-1118-2229-3341-44天用1.5%葡聚糖硫酸钠(DSS)盐代替纯水。SD-FVPDSS-FVP组在实验期间每天灌胃给予FVP。在SDDSS组,小鼠灌胃给予蒸馏水作为对照。每天灌胃给药,所有小鼠都每周记录饲料消耗量。疾病活动指数(DAI)评分由体重减轻程度、大便稠度和便血情况决定。最后处死小鼠后,测量结肠长度,取血清及各脏器,于-80℃保存至检测。利用Accu16S®细菌绝对定量测序对小鼠粪便进行检测。
研究结论:


本研究结果发现,FVP治疗可减轻溃疡性结肠炎(UC)症状,上调或下调结肠组织中相关基因表达水平,并可增强UC小鼠的代谢和生物合成能力。采用相关性分析发现对11种肠道微生物包括乳酸杆菌、双歧杆菌和梭状芽孢杆菌与UC症状相关。这些结果表明,FVP可通过调节特定肠道微生物而减轻小鼠UC症状,提高了对FVP作为益生元的功能活性的认识。


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摘自原文图8科水平小鼠肠道微生物组成。


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天昊16S扩增子绝对定量测序项目新文:金针菇β-型糖苷多糖对结肠炎小鼠的抗炎及肠道菌群调节作用






代表文章9:

益生元与人体肠道菌群研究




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中文题目:绿刺参岩藻糖基硫酸软骨素的链构象、理化性质及其体外发酵


发表期刊:Carbohydrate Polymers
影响因子:10.723
发表时间:20201
研究目的:探讨绿刺参岩藻糖基硫酸软骨素(fCS-Sc)的对人体肠道菌群的影响
样本类型:人类粪便体外发酵液
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:3个分组x3个重复,共9
研究内容:
fCS-Sc或低聚果糖(FOS,阳性对照)溶于培养基中,高压灭菌。新鲜粪便样本来自三名捐赠者(2名女性和1名男性)。将每个供者的相同量粪便样本混合,用PBS稀释成粪浆,将9ml空白培养基(对照组)或含fCS-ScFOS的培养基与1ml粪浆混合。将混合物立即放入厌氧培养箱中制备发酵液。
研究结论:


fCS-Sc可以通过提高肠道菌群的绝对丰度来调节肠道菌群的群落结构,增加有益菌,抑制病原微生物,从而促进短链脂肪酸的产生。本研究进一步加深了对fCS-Sc空间结构的认识,以及fCS-Sc作为益生元的应用。


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摘自原文图6主要细菌在门(a)和属(b)水平上的相对丰度和绝对丰度。
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又一篇!天昊生物微生物16S扩增子绝对定量测序技术再发好文



环境农学领域代表文章


代表文章1

塑料污染物降解核心微生物研究




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中文题目:一种能够降解聚乙烯对苯二甲酸酯和聚乙烯的海洋细菌群落
发表期刊:Journal of Hazardous Materials
影响因子:14.224
发表时间:20218
研究目的:筛选具有显著降解PETPE塑料垃圾的菌群
样本类型:塑料污染物
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V4-V5区)
取样策略:2个分组x3个重复,共6
研究内容:
在本研究中,作者对数百个与塑料废弃物相关的样品进行了筛选,发现了一个能够高效定殖和降解PETPE的海洋细菌群落。利用天昊Accu16S®细菌绝对定量测序专利技术,通过对菌群组成种类和丰度进行定量分析,发现有5类细菌为优势种群。结合培养技术成功,最终成功获得一个能稳定共存并具有显著降解PETPE塑料垃圾的菌群。
研究结论:
本研究发现了一个可有效降解PETPE的海洋细菌群落,为塑料降解途径及其相关的生物和机械过程提供了新的见解,为开发针对塑料废物的微生物产品奠定了坚实基础。

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摘自原文图5:细菌群落的三种核心细菌的丰度量化和塑性降解结果。

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祝贺!天昊Accu16S细菌绝对定量测序项目登陆顶级环境杂志《Journal of Hazardous Materials》





代表文章2

脱氧海水与微生物碳氮循环研究





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中文题目:渤海脱氧海水中微生物碳氮循环的转录组学证据
发表期刊:Environment International
影响因子:13.352
发表时间:20221
研究目的:探讨脱氧海水中的微生物群落结构和转录活性模式
样本类型:水体生物膜
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V4区)
取样策略:2个地点x3个深度x2种大小,共12
研究内容:
本研究选择渤海两个观测点表层、中层和底层三个深度不同溶解氧的样品进行比较分析。通过滤膜过滤海水,收集微生物,用于Accu16S®细菌绝对定量测序和宏转录组分析。本研究分析了缺氧渤海优势细菌和古菌的群落组成和转录活性变化,揭示脱氧环境中微生物介导的碳和氮循环。
研究结论:
结果表明,奇古菌尤其是氨氧化的沿海生态型,对低氧水生环境有很强的适应能力,并进行化能自养固碳,对脱氧环境下的碳流动具有很大贡献。

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摘自原文图2A31A45地点自由生活(0.2-3.0mm)和颗粒相关(3.0-20mm)两种大小状态原核生物群落的微生物组成柱状图。


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代表文章3

微生物与人工湿地污染物清除研究





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中文题目:中试规模两级潮汐流人工湿地中多孔基质和功能菌属的协同作用对低温下营养物质的高效去除
发表期刊:Bioresource Technology
影响因子:11.889
发表时间:20211
研究目的:探究微生物在人工湿地的污染物清除中的作用
样本类型:水体生物膜
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:2个分组x4个时间点,共8
研究内容:
本研究以页岩陶粒(SC)和活性氧化铝(AA)为填料,建设中试规模两级潮汐流人工湿地TFCWSC-AA-TFCW),用于低温(<15℃)营养物质的去除。在17种反硝化细菌中,好氧反硝化细菌(ADNB)的绝对丰度最高,其次是兼性厌氧反硝化细菌(FADNB)和自养反硝化细菌(AUDNB)。一些ADNB与营养物质去除相关的关键功能基因之间存在正交作用。溶解氧和还原元素是改变ADNB组成的主要环境因素。
研究结论:
SC-AA-TFCW在低温下具有高效的污染物去除性能。与FADNBAUDNB相比,ADNB的绝对丰度最高。NH4+-N同化是启动阶段NH4+-N去除的主要途径。在稳定期,异化和同化NO3--N还原和完全反硝化是TN转化的主要原因。ADNB与关键功能基因之间主要存在正交作用。总的来说,本研究阐明了多孔基质和ADNB在去除营养方面的协同作用。

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摘自原文图3SS-AA-TFCW8个生物膜样品的主要属的绝对定量:(a)主要细菌属的热图;(b)潜在反硝化菌的总丰度。图(a)中的123分别代表好氧反硝化细菌(ADNB)、兼性厌氧反硝化细菌(FADNB)和自养反硝化细菌(AUDNB)。


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代表文章4

微生物与废水处理功能基因关联研究


 


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中文题目:潮汐流人工湿地异养硝化-好氧反硝化、氮代谢基因和关键细菌之间的数量生态学关联
发表期刊:Bioresource Technology
影响因子:11.889
发表时间:202110
研究目的:在中试规模的两级潮汐流人工湿地(TFCW)中探索异养硝化-好氧反硝化的定量机制。
样本类型:水体生物膜
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:2个分组x4个时间点,共8
研究内容:
研究者通过对中试规模的两级潮汐流人工湿地相关检测,探索了潮汐流人工湿地异养硝化-好氧反硝化、氮代谢基因和关键细菌之间的数量生态学关联,并在此基础上,提出了异养硝化和好氧反硝化细菌的氮转化机理和分散式污水处理的工程意义。实验采用填充页岩陶粒(SC)和活性氧化铝(AA),分别构建了两阶段中试规模的TFCW。利用Accu16S®细菌绝对定量测序技术,发现优势菌属为以Ferribacterium铁杆菌属为核心的异养硝化和好氧反硝化(HN-AD)细菌,通过硝酸盐同化和完全反硝化(NO3--N→N2)同时去除NH4+-NNO3--N
研究结论:


本研究结果表明,Accu16S®扩增子绝对定量测序方法可通过确定HN-AD细菌丰度和氮代谢基因拷贝数,更精确的用于定量的评估,深入阐明HN-AD、氮代谢基因和关键细菌之间的数量关联,为应用TFCW运行提供了理论基础。


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摘自原文图2SC-AA-TFCW中细菌群落结构(a)、多样性(b)、优势菌门相对丰度(c)和优势菌门绝对丰度(d)

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代表文章5

活性污泥与微生物群落研究



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中文题目:低温下活性污泥硝化系统中基于全尺度分类的微生物群落和抗生素抗性基因对阿奇霉素和铜复合污染的响应
发表期刊:Bioresource Technology
影响因子:11.889
发表时间:202112
研究目的:探讨抗生素和重金属复合污染对污水处理厂处理性能和ARGs丰度增加的生态效应影响
样本类型:活性污泥
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:2个效应分组x不同浓度,共15
研究内容:
本研究分析了低温下活性污泥硝化系统中优势/稀有菌属和ARGs对阿奇霉素(AZM) 和铜复合污染的短期响应。实验检测了复合污染对硝化作用的抑制。四种AZM剂量浓度以及没有AZM和铜的对照样本,发现在低温条件下,随着AZM浓度的增加,复合污染对硝化的抑制作用更加明显。利用天昊生物Accu16S®细菌绝对定量测序,分析了15个混合活性污泥样本中的细菌多样性和群落结构的变化。
研究结论:
AZM和铜的复合污染影响了胁迫和效应后时期的细菌多样性和丰富度,.稀有或优势分类菌群(CRAT)是重要的类群。氨氧化古菌在氨氧化作用中扮演重要角色,氨氮同化为有机氮和反硝化作用可能是去除氮的重要途径。ARGs亚型之间存在更多的共生模式,高浓度的AZM可能会促进ARGs的增殖。除了一些优势菌群外,稀有菌群、潜在病原体和脱氮功能菌属都是ARGs的主要潜在宿主。



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摘自原文图2:微生物群落结构多样性分析。


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代表文章6

水体沉积物与微生物群落研究



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中文题目:沉积物减缓抗生素对反硝化作用的抑制作用:功能基因、微生物群落和抗生素抗性基因分析


发表期刊:Science of the Total Environment
影响因子:10.753
发表时间:20221
研究目的:沉积物如何影响抗生素对反硝化和反硝化细菌群落
样本类型:悬浮沉积物
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:2个分组x4种处理,共8
研究内容:
本研究沉积物样品在长江监测点采集,选择了磺胺甲恶唑(SMX)、四环素(TC)和氧氟沙星(OFL3种抗生素作为目标有机污染物。在没有和有沉积物情况下,研究了抗生素对水体中NO3--N反硝化作用的影响。通过Accu16S®细菌绝对定量测序和qPCR分析了反硝化微生物群落结构和功能基因,
研究结论:
本研究揭示抗生素和沉积物对反硝化作用的影响机制,强调了抗生素对反硝化作用的影响不容忽视。本研究还表明沉积物在减缓抗生素对反硝化作用的影响中的关键作用。这些结果为评估天然水中抗生素的潜在风险提供了新的见解。



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摘自原文图4:不同暴露组中门(a)和属(b)水平的微生物群落组成;(c)PICRUSt2预测的微生物群落代谢途径。


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Sci Total Environ. | 天昊专利技术Accu16S细菌绝对定量测序在水体沉积物抗生素污染研究中的新进展





代表文章7

不同施肥方式对土壤微生物的影响



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中文题目:高通量微生物绝对定量测序揭示不同施肥应用对种植番茄的滨海盐渍土壤细菌群落的影响
发表期刊:Science of the Total Environment
影响因子:10.753
发表时间:201910
研究目的:探讨不同施肥方式对番茄盐渍土壤细菌群落组成的影响
样本类型:土壤
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V4-V5区)
取样策略:5个分组x5个重复,共25
研究内容:
本研究采用Accu16S®细菌绝对定量测序方法,分析了4种不同施肥方式(100%生物有机肥、70%生物有机肥和30%化肥、30%生物有机肥和70%化肥、100%化学肥)对番茄盐渍土壤细菌群落组成的影响。田间试验结果表明,70%生物有机肥加30%化肥是沿海滩涂地区发展番茄栽培(提高产量和果实品质)的最佳剂量。盆栽试验对番茄的生长也有类似的结果,同时表明70%生物有机肥加30%化学肥料对土壤微生物群的活化效果最好。RDA和皮尔逊相关分析表明,土壤养分,特别是有效磷、有效钾和土壤盐分是影响该生态系统细菌群落的主要环境因子,但有机质含量和土壤酸碱度也在微生物群落的组装中起着重要作用。
研究结论:
肥料对盐渍土养分的输入显著增加了细菌的总丰度,但同时也降低了细菌群落的多样性,而不考虑负载肥料的形式。土壤细菌群落组成的变化主要受土壤盐度和养分有效性(包括PK)的影响。在四种施肥方式中,70%生物有机肥与30%化肥的组合是发展农业种植的最佳途径,如获得较高的番茄生长、产量和田间果实品质,以及沿海盐渍土壤的活性微生物群。此外,利用spike-in内标的高通量绝对定量测序技术是一种非常有前途的方法,可以使人们对细菌生态学有一个全面而深入的了解。



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摘自原文导图。


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代表文章8

施用氮肥对土壤粘细菌的影响




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中文题目:长期施氮降低了捕食性粘细菌的相对丰度和绝对拷贝数,改变了土壤中粘细菌群落结构
发表期刊:Science of the Total Environment
影响因子:10.753
发表时间:20203
研究目的:长期施肥条件下对农业土壤中粘细菌的影响
样本类型:土壤
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V4-V5区)
取样策略:12种施肥处理x3个重复,共36
研究内容:
本研究设计了12种常用施肥处理:1)不施肥对照(control, CK);2)氮化肥(N);3)氮磷化肥 NP);4)氮钾化肥(NK);5)磷钾化肥(PK);6)氮磷钾化肥(NPK)7)氮磷钾化肥配施猪粪(NPKM)81.5倍用量的氮磷钾化肥配施猪粪(1.5NPKM);9)氮磷钾化肥配施秸秆;10)氮磷钾化肥配施猪粪+大豆轮作(NPKMR);11)猪粪(M);12)休耕(Nature)。每种处理共采集四个重复,随机选择三个样本进行Accu16S®细菌绝对定量测序。
研究结论:
结果表明,施氮(N簇)和施猪粪(M簇)的粘细菌群落结构存在显著差异。施加氮肥显著降低了粘细菌的相对丰度、拷贝数、物种积累指数和Shannon指数。施氮肥引起的土壤酸化是导致土壤粘细菌相对丰度和绝对拷贝数下降的最主要原因;粘细菌相对丰度和绝对拷贝数的变化与细菌的αβ多样性指数的变化显著相关,粘细菌群落的变化可能是影响整体微生物群落变化的重要因素。



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摘自原文图2:粘细菌群落对CKMN簇土壤的响应。


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代表文章9

蓄水池生物膜与微生物净水研究



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中文题目:作为雨水清洁生产预处理单元的蓄水池:生物膜细菌群落和功能菌属在水质改善中的作用
发表期刊Journal of Environmental Management
影响因子:8.910
发表时间:20222
研究目的:系统探讨雨水储罐中生物膜的净水功能和机理。
样本类型:水体生物膜
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:2个分组x3个时间点,共6
研究内容:
反应器R1R2分别模拟新旧雨水储罐。比较了新旧雨水储罐的生物净水性能差异。本实验在4070100天从R1R2收集生物膜样品,利用天昊Accu16S®细菌绝对定量测序进行微生物多样性检测。采用全尺度分类方法对雨水蓄水池中生物膜细菌群落组成进行综合分析,通过主成分分析(PCA)分析不同细菌类群之间群落结构的相似性。
研究结论:
生物膜的存在增强了雨水蓄水池的自净功能。适当缩短水力停留时间(HRT)有利于提高污染物去除性能和水质生物安全。ATCRAT在五个细菌类群中占主导地位。功能性细菌随着时间的推移而富集并形成复杂的相互作用。氨同化、完全反硝化和异化/同化硝酸盐还原可能是主要的氮代谢途径。HRT对群落变异有很好的解释,而长时间的HRT不利于功能性细菌的生长。以蓄水池为预处理单元,充分利用其生物净水功能,可以减轻后续处理单元的负荷,有利于雨水清洁生产的可持续性。



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摘自原文图3R1R2中的生物膜细菌群落:(aPCA分析;(b)细菌分类群的绝对丰度变化。


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J Environ Manage. | 天昊专利技术Accu16S细菌绝对定量测序在生物膜净水研究领域取得新进展




代表文章10

食品发酵物与微生物研究



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中文题目:不同类型大曲中的细菌、真菌和噬菌体群落及挥发性物质研究
发表期刊:Food Research International
影响因子:6.475
发表时间:20226
研究目的:系统评估大曲中细菌和真菌的绝对丰度以及噬菌体在食物发酵系统中的作用
样本类型:酒类发酵物
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)和AccuITSTM真菌绝对定量测序(ITS2区)
取样策略:3个分组x3个重复,共9
研究内容:
从中国不同酒厂收集三类大曲样品:使用大麦和豌豆制备的LTDQ40–50℃)样品,使用小麦制备的MTDQ50–60℃)样品,和使用小麦制备的HTDQ60–70°C)样品。从储藏室的顶部、中部和底部收集3个平行样品,然后合并形成1个样品。将每个混合样品分成两部分;一部分在-20℃下保存,用于理化和代谢物分析,包括水分、pH、酸度、液化力、糖化力、酸性蛋白酶活性、糖、多元醇、酸和氨基酸的组成和含量,以及挥发性化合物的检测分析。另一部分在-80℃保存用于Accu16S®细菌(V3-V4区)和AccuITSTM真菌(ITS2区)绝对定量测序分析和宏病毒组分析。
研究结论:
在这本研究使用天昊生物人工合成的spike-in序列的微生物绝对定量测序专利技术,综合比较不同类型大曲中微生物群落的相对和绝对丰度。检测三种大曲的挥发性成分也发现存在显著差异。大曲中共检测出105种挥发性化合物,其中14种被鉴定为区分三种大曲的重要化合物。相关性分析表明,这些代表性化合物的形成与SaccharopolysporaThermoactinomycesKroppenstedtiaByssochlamysThermomyces密切相关。此外,本研究首次利用宏病毒组学观察了三种大曲中病毒的组成和功能。本研究强调了使用绝对定量以避免在比较微生物组分析中对差异分类群的误判,并为大曲中的噬菌体群落和功能提供了新的见解。



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摘自原文图1:三种大曲样本中相对和绝对定量检测的细菌优势菌属(A)LEfSe分析显示了共有的显著差异细菌分类群(B)


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一区新文 | 天昊专利技术Accu16S细菌和AccuITS真菌绝对定量测序助力大曲发酵研究登陆《FRI》





代表文章11

农业种植方式与土壤微生物研究



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中文题目:荔枝园间作平托花生有效提高了土壤速效钾含量,优化了土壤细菌群落结构,提高了细菌群落多样性
发表期刊:Frontiers in Microbiology
影响因子:6.064
发表时间:20225
研究目的:探讨间作种植方式对土壤性质、酶活性以及土壤细菌群落结构和多样性的影响
样本类型:土壤
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略2个分组x3个重复,共6
研究内容:
该研究对荔枝与平托花生间作(LP)和荔枝单作(CK)种植区进行土壤样本采集,一部分用于Accu16S®细菌绝对定量测序分析(V3-V4区),一部分风干用于测定土壤化学性质和土壤酶活性。土壤性质分析包括:土壤总有机碳(SOC),总氮(TN)、总磷(TP)、总钾(TK)和有效氮(AN)、有效磷(AP)、有效钾(AK)、硝态氮(NO3--N)、铵态氮(NH4+-N)、水分含量、pH。土壤酶活性的测定包括:土壤蔗糖酶(s-SC)活性、土壤脲酶(s-UE)、土壤过氧化氢酶(s-CAT)、土壤多酚氧化酶(s-PPO)和土壤蛋白酶(s-PT)
研究结论:
本研究结果证明了荔枝单作模式和荔枝园间作4年以上的平托花生在土壤性质、土壤酶和土壤细菌群落方面的差异。间作土壤的土壤AK含量显著高于荔枝单作,土壤微生物结构显著优化,因为AK是影响细菌群落多样性的主要环境因素。LPSC、酸性PTUE的活性高于CK。间作土壤细菌的丰富度和多样性高于CK,土壤细菌群落结构明显优化为间作模式,有利于荔枝栽培的优越土壤环境条件。通过对土壤微生物群的功能预测分析,推测对土传病害的抗性与间作模式下的土壤细菌群落结构高度相关。



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摘自原文图3:在门水平(A)和属水平(B)的所有与环境变量相关的样品中与主要土壤细菌群落的冗余分析(RDA)


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Front Microbiol. | 天昊专利技术Accu16S细菌绝对定量测序在荔枝园种植领域取得新进展





代表文章12

农业复垦与土壤微生物研究



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中文题目:腾格里沙漠土壤细菌群落对农业开垦的响应
发表期刊:Applied Soil Ecology
影响因子:5.509
发表时间:20221
研究目的:探讨施肥和种植等农业复垦做法对沙漠土壤微生物组的多样性、组成和功能的影响
样本类型:土壤
检测方法:Accu16S®细菌绝对定量测序(V3-V4区)
取样策略:3个分组x3个葡萄园x3个重复,共27
研究内容:
研究区域位于腾格里沙漠东南边缘葡萄园,原风积沙土用羊粪及过磷酸钙和磷酸铵进行施肥后种植葡萄。本实验采集三个葡萄园的植物附近(PLT),施肥沟(FTL)和同一地区的开阔地对照(CON)三类土壤,用来进行Accu16S®细菌绝对定量测序分析和土壤理化性质测定。
研究结论:


本研究结果表明,将沙漠土地开垦为农业用途,显着增加了土壤细菌的总丰度,同时降低了它们的多样性。属于FirmicutesProteobacteriaActinobacteriaAcidobacteria门的细菌是施肥的主要响应者,其中,BacilliActinobacteria被发现是群落网络中的关键类群。在沙漠生态系统中,植物对土壤细菌群落的塑造要小于施肥的影响。 


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摘自原文图3:土壤的细菌群落组成柱状图。


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医学、农学新应用,天昊Accu16S细菌绝对定量测序技术在骨质疏松和农业复垦领域收获新文







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