咨询热线：400-065-6886
咨询热线：400-065-6886
前言
进而利用qPCR在胃癌组织中（包括不同分化程度样本）对部分差异的circRNA进行验证，发现circRNA差异表达趋势与芯片结果一致（图2）；而且在4种胃癌细胞系中进一步验证了这些circRNA的表达水平，PCR产物验证证实了circRNA具有反向剪接位点（图3）。
图3 qPCR验证胃癌细胞系中差异表达的circRNA
为了评估所选circRNA对胃癌的诊断潜力，作者对每个circRNA进行了ROC曲线分析，发现has_circ_0077837更可能作为胃癌和低分化胃腺癌诊断标志物（图4）。
图4 胃癌（A）和低分化胃腺癌（B）中所选circRNA ROC曲线分析
为了研究所选circRNA的潜在功能，研究人员对其靶基因进行了GO分析，主要富集的GO条目如图5。KEGG通路富集分析如图6所示。
图5 circRNA靶基因GO分析
图6 circRNA靶基因KEGG通路分析
考虑到m6A修饰作为转录后修饰方式精细调控着基因表达，首先利用SRAMP网站（http://www.cuilab.cn/sramp）对这些差异表达的circRNA潜在的m6A修饰位点进行预测，多个circRNA具有高可信度的m6A修饰位点。利用MeRIP-qPCR对这些circRNA的m6A修饰进行验证，发现多数circRNA的m6A修饰水平在肿瘤组织中具有显著差异（图7A），而且m6A修饰水平和circRNA表达水平具有显著相关性（图7B、C）。这些结果显示m6A修饰可能影响这些circRNA的表达差异。
图7 MeRIP-qPCR验证20个差异表达circRNA的m6A修饰水平差异
总结来看
创新基因科技，成就科学梦想
微信扫一扫
关注该公众号
前往“发现”-“看一看”浏览“朋友在看”